一、芯片檢測流程
樣品質(zhì)檢-項(xiàng)目確認(rèn)-芯片實(shí)驗(yàn)-數(shù)據(jù)分析
二、樣品要求
1. DNA 濃度大于50ng/ul。
2. DNA 樣品體積大于20ul。
3. DNA 總量大于1ug。
4. DNA 的吸光度260/280比值在1.7-2.1之間,瓊脂糖電泳檢測DNA主帶清晰完整,無明顯RNA污染及蛋白質(zhì)大分子污染。
5. 請附送一管DNA樣品的溶解介質(zhì)。
6. 請務(wù)必保證樣品運(yùn)送過程中溫度保持在4度以下,夏季以干冰運(yùn)送為好。
三、illumina BeadArray SNP分型芯片的特點(diǎn)
1.密度高信息量大
BeadArray芯片密度高,9平方毫米的面積上有5萬個(gè)不同類型的微珠,一張芯片最多可容納300k特異性標(biāo)記的微珠。
2.需要樣本量少,成本低
illumina芯片面積小意味著需要的標(biāo)記樣品量少,反應(yīng)所需樣品量僅為250ng;全基因組分型芯片僅為750ngDNA。
3.重復(fù)性好
由于標(biāo)記的微珠混合均勻,且是自行組裝的,不存在點(diǎn)樣誤差,每張芯片在解碼時(shí)都通過雜交進(jìn)行質(zhì)量控制,illumina對不同304,556個(gè)SNP進(jìn)行了對照實(shí)驗(yàn),結(jié)果顯示304,511個(gè)SNP無差異,重復(fù)性達(dá)到了99.99%。
4.實(shí)驗(yàn)成功率高
BeadArray技術(shù)是利用編碼序列間接雜交的。所有的編碼序列都經(jīng)過特殊設(shè)計(jì),具有近似的雜交溫度,退火溫度以及CG含量穩(wěn)定等特點(diǎn),雜交效率很高。所以,使用微珠芯片進(jìn)行基因分型實(shí)驗(yàn)的成功率極高。對2,267,188個(gè)SNP進(jìn)行分型,其中只有1,432個(gè)基因型未被檢出,實(shí)驗(yàn)成功率達(dá)到了99.94%。
5.準(zhǔn)確性好
對BeadArray芯片得到的1,940,990個(gè)SNP結(jié)果進(jìn)行分析,從中只發(fā)現(xiàn)發(fā)了97個(gè)SNP有孟德爾遺傳錯(cuò)誤和578個(gè)基因重組錯(cuò)誤。其孟德爾遺傳錯(cuò)誤率只有0.0049%,基因重組率錯(cuò)誤只有0.029%。
6.芯片格式靈活多樣
客戶可根據(jù)樣本量以及SNP位點(diǎn)數(shù)量來確定使用何種格式的芯片。
四、芯片種類
1.人類基因分型芯片(Human Genotyping)
illumina 的人類基因分型芯片,可支持全基因組、靶向基因組和外顯子組的分析。由業(yè)界領(lǐng)先的BeadArray和Infinium檢測技術(shù)所支持,它們可提供出色的數(shù)據(jù)質(zhì)量和高密度的基因組覆蓋。您可以選擇專家定義內(nèi)容的即用型 BeadChip 芯片,聯(lián)盟開發(fā)的特定應(yīng)用芯片,定制或半定制芯片,以滿足特定的研究需求。
2.非人類基因分型芯片(Non-human Genotyping)
illumina 為其它物種的生物提供一套完整的基因分型芯片產(chǎn)品。對于作物、牲畜和模式生物,目前有即用型的 BeadChip 芯片方案可供選擇,它們利用專家精選和聯(lián)盟開發(fā)的內(nèi)容。對于那些尚未開展遺傳研究的生物,可利用已知或疑似標(biāo)記創(chuàng)建定制的 iSelect 芯片。這些 BeadChip 芯片支持高通量的多重處理, 適合大量樣品的研究,以每個(gè)樣品的低價(jià)格帶來高質(zhì)量的數(shù)據(jù)。
3.人類甲基化芯片(The Infinium MethylationEPIC BeadChip)
DNA 甲基化對生命過程起到非常關(guān)鍵的作用,是基因精確調(diào)控的方法之一。在哺乳動物基因組中,DNA 甲基化是指 CpG 二核苷酸中的咆嘧啶第 5 位碳原子被甲基化。另外 DNA 甲基化是一種基因外修飾,不改變 DNA 的一級結(jié)構(gòu),它在細(xì)胞正常發(fā)育、基因表達(dá)模式以及基因組穩(wěn)定性中起著至關(guān)重要的作用。基因的非正常甲基化往往和疾病關(guān)聯(lián),如腫瘤(抑癌基因的沉默);精神性疾病(Rett 綜合癥);X- 染色體沉默;自身免疫疾病等。DNA 甲基化已成為當(dāng)前分子生物學(xué)的研究熱點(diǎn)之一。研究者對通量更高、覆蓋更全、性價(jià)比更高的甲基化芯片服務(wù)的需求更為迫切。
The Infinium MethylationEPIC BeadChip 甲基化芯片全面覆蓋表觀基因組的關(guān)聯(lián)研究,可以基于單核苷酸分辨率定量檢測基因組中的甲基化位點(diǎn),包含三種規(guī)格試劑盒:16、32、96 樣本。
4.各類定制芯片
⑴ 客戶定制芯片
定制流程
a. Input File Type:客戶將挑選好的位點(diǎn)信息(在基因名稱、染色體區(qū)域、序列信息、rs 號、CNV 區(qū)域這五類信息中選其一)提交給怡美通德公司。
b. Assay Design Tool(ADT):Online 軟件(ADT)對位點(diǎn)進(jìn)行評分。
c. Score File:提供評分文件,除位點(diǎn)成功率預(yù)測外,軟件還同時(shí)提供以下信息: 狀態(tài)驗(yàn)證 (validation status)、 最小等位基因頻率等。
d. 客戶根據(jù)評分文件對位點(diǎn)進(jìn)行調(diào)整。
e. 下單訂購
⑵ 聯(lián)盟定制芯片
illumina 從整合資源的角度出發(fā)推出了許多聯(lián)盟定制芯片,這些芯片是由聯(lián)盟成員選擇定制芯片的位點(diǎn),并承諾訂購相應(yīng)數(shù)量的芯片。這樣做大大提高了樣本數(shù)量,從而降低了單個(gè)樣本的成本。目前已組成了多種人類和動植物的聯(lián)盟。由于整合了聯(lián)盟成員的資源,使得每個(gè)聯(lián)盟參與者都受益。illumina 所有的芯片都旨在使研究工作更快更好,推進(jìn)高價(jià)值方法的開發(fā),并在現(xiàn)實(shí)世界中迅速實(shí)施這些應(yīng)用。如果您希望參與一個(gè)聯(lián)盟,或有意發(fā)起一個(gè)新聯(lián)盟,可直接與我公司的代表聯(lián)系。
* 狀態(tài)備注:
開放:開放的聯(lián)盟產(chǎn)品可直接訂購。
封閉:封閉的聯(lián)盟產(chǎn)品需通過聯(lián)盟領(lǐng)導(dǎo)者的準(zhǔn)許后訂購。
召集中:由 illumina 或其它研究機(jī)構(gòu)發(fā)起希望組成的聯(lián)盟。